Свое начало Государственная налоговая инспекция по Курганской области берет в 1990 году. В соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 24 января 1990 года N 76 "О государственной налоговой службе" и приказом Министерства финансов СССР от 31 февраля 1990 года N 12а "О создании государственной налоговой службы" начальником Государственной налоговой инспекции по Курганской области был назначен с 6 марта Николай Петрович Шитиков. Приказом за N 2 он утвердил структуры областной Государственной налоговой инспекции, городских и районных государственных налоговых инспекций.

В областном аппарате было создано 7 отделов. Это отдел налогообложения прибыли государственных предприятий, организаций и объединений; отдел налогообложения прибыли кооперативных и общественных организаций; отдел налога с оборота и прочих доходов; отдел налогообложения граждан; отдел учета и отчетности; отдел организационно-методической работы и контроля; хозяйственный отдел.

Были созданы государственные налоговые инспекции по городам Кургану и Шадринску, а также в 26 районах, включая 3 района в г. Кургане. Через год эти инспекции были объединены с курганской городской. В мае 1992 года была образована государственная налоговая инспекция по Звериноголовскому району.

Затем Управление Министерства РФ по налогам и сборам по Курганской области состояло из 19 отделов. Это общий отдел; финансовый отдел; отдел кадров; отдел внутренней безопасности и защиты информации; юридический отдел; отдел обработки данных и информатизации; отдел регистрации и учета налогоплательщиков; отдел учета, анализа поступления налогов и налоговой статистики; отдел оперативного контроля и применения ККМ; отдел налогообложения юридических лиц N 1; отдел налогообложения юридических лиц N 2; отдел налогообложения юридических лиц N 3; отдел принудительного взыскания недоимки; отдел налогообложения физических лиц; отдел единого социального налога; отдел контроля в сфере производства и оборота алкогольной и табачной продукции; отдел контроля налоговых органов; отдел работы с налогоплательщиками; отдел контрольной работы. 

Вместо существовавших ранее 26 инспекций в соответствии с реорганизацией было создано 14 инспекций МНС России: 4 - по городам и районам и 10 межрайонных.

Преобразование Министерства  Российской Федерации по налогам и сборам в Федеральную налоговую службу повлекло за собой изменения в системе налоговых органов Курганской области. Приказом ФНС России от 10 октября 2004 года Управление МНС России по Курганской области преобразовано в Управление ФНС России по Курганской области. Изменилась структура Управления. В настояще время оно состоит из девяти отделов. В области созданы одна городская и семь межрайонных инспекций. 

Для налогоплательщиков тех районов, в которых нет головных инспекций, созданы территориально обособленные рабочие места (ТОРМ), где специалисты-налоговики непосредственно работают с налогоплательщиками, т.е. выполняют определенные функции налогового органа.

В настоящее время в налоговых органах области трудятся более тысячи человек.

Осуществление контроля и надзора за соблюдением законодательства о налогах и сборах, а также принятых в соответствии с ними нормативных правовых актов, правильностью исчисления и своевременностью внесения налогов и сборов, а также иных обязательных платежей, за соблюдением требований к контрольно-кассовой технике, порядком и условиями ее регистрации и применения, а также полнотой учета выручки денежных средств и ряду других вопросов остается неизменным. 

Общая площадь здания областного Управления составляет 5 652 квадратных метра, а полезная - 1 442 квадратных метра.

Общее количество персональных электронно-вычислительных машин в инспекциях региона составляет более 1000 единиц.